Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN3AQ9NY46 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN3AQ9NY46 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN3AQ9NY46 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SCN3AQ9NY46 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SCN3AQ9NY46 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SCN3AQ9NY46 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
SCN3AQ9NY46 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SCN3AQ9NY46 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SCN3AQ9NY46 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SCN3AQ9NY46 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SCN3AQ9NY46 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SCN3AQ9NY46 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SCN3AQ9NY46 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SCN3AQ9NY46 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SCN3AQ9NY46 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SCN3AQ9NY46 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SCN3AQ9NY46 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SCN3AQ9NY46 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SCN3AQ9NY46 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN3AQ9NY46 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN3AQ9NY46 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SCN3AQ9NY46 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SCN3AQ9NY46 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SCN3AQ9NY46 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN3AQ9NY46 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SCN3AQ9NY46 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SCN3AQ9NY46 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SCN3AQ9NY46 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN3AQ9NY46 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SCN3AQ9NY46 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SCN3AQ9NY46 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SCN3AQ9NY46 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SCN3AQ9NY46 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SCN3AQ9NY46 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SCN3AQ9NY46 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SCN3AQ9NY46 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SCN3AQ9NY46 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SCN3AQ9NY46 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.91
SCN3AQ9NY46 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SCN3AQ9NY46 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SCN3AQ9NY46 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SCN3AQ9NY46 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SCN3AQ9NY46 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SCN3AQ9NY46 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SCN3AQ9NY46 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SCN3AQ9NY46 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
SCN3AQ9NY46 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SCN3AQ9NY46 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SCN3AQ9NY46 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SCN3AQ9NY46 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SCN3AQ9NY46 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
SCN3AQ9NY46 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SCN3AQ9NY46 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN3AQ9NY46 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SCN3AQ9NY46 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SCN3AQ9NY46 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SCN3AQ9NY46 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SCN3AQ9NY46 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SCN3AQ9NY46 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SCN3AQ9NY46 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SCN3AQ9NY46 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SCN3AQ9NY46 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SCN3AQ9NY46 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SCN3AQ9NY46 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SCN3AQ9NY46 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SCN3AQ9NY46 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SCN3AQ9NY46 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SCN3AQ9NY46 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SCN3AQ9NY46 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SCN3AQ9NY46 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms