Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXA1P49639 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXA1P49639 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXA1P49639 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HOXA1P49639 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXA1P49639 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXA1P49639 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA1P49639 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HOXA1P49639 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA1P49639 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HOXA1P49639 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HOXA1P49639 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HOXA1P49639 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HOXA1P49639 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HOXA1P49639 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HOXA1P49639 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXA1P49639 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
HOXA1P49639 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
HOXA1P49639 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HOXA1P49639 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXA1P49639 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
HOXA1P49639 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
HOXA1P49639 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXA1P49639 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXA1P49639 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXA1P49639 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXA1P49639 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXA1P49639 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXA1P49639 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
HOXA1P49639 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXA1P49639 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
HOXA1P49639 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
HOXA1P49639 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
HOXA1P49639 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
HOXA1P49639 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HOXA1P49639 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HOXA1P49639 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HOXA1P49639 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXA1P49639 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXA1P49639 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXA1P49639 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXA1P49639 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXA1P49639 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXA1P49639 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXA1P49639 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HOXA1P49639 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXA1P49639 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms