Protein–RNA interactions for Protein: P47902

CDX1, Homeobox protein CDX-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 265 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDX1P47902 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CDX1P47902 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CDX1P47902 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CDX1P47902 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CDX1P47902 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CDX1P47902 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CDX1P47902 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CDX1P47902 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CDX1P47902 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CDX1P47902 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CDX1P47902 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CDX1P47902 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CDX1P47902 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CDX1P47902 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CDX1P47902 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CDX1P47902 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CDX1P47902 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CDX1P47902 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CDX1P47902 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CDX1P47902 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CDX1P47902 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CDX1P47902 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CDX1P47902 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CDX1P47902 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CDX1P47902 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CDX1P47902 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CDX1P47902 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CDX1P47902 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CDX1P47902 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CDX1P47902 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CDX1P47902 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CDX1P47902 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CDX1P47902 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CDX1P47902 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CDX1P47902 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CDX1P47902 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CDX1P47902 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CDX1P47902 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CDX1P47902 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CDX1P47902 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CDX1P47902 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CDX1P47902 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CDX1P47902 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CDX1P47902 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CDX1P47902 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CDX1P47902 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CDX1P47902 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CDX1P47902 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CDX1P47902 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CDX1P47902 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CDX1P47902 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CDX1P47902 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CDX1P47902 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CDX1P47902 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CDX1P47902 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CDX1P47902 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CDX1P47902 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CDX1P47902 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CDX1P47902 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CDX1P47902 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CDX1P47902 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CDX1P47902 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CDX1P47902 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CDX1P47902 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CDX1P47902 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CDX1P47902 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CDX1P47902 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CDX1P47902 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CDX1P47902 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CDX1P47902 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CDX1P47902 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CDX1P47902 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CDX1P47902 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CDX1P47902 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CDX1P47902 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CDX1P47902 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CDX1P47902 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CDX1P47902 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CDX1P47902 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CDX1P47902 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CDX1P47902 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CDX1P47902 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CDX1P47902 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CDX1P47902 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CDX1P47902 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CDX1P47902 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CDX1P47902 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CDX1P47902 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CDX1P47902 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CDX1P47902 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CDX1P47902 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CDX1P47902 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CDX1P47902 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CDX1P47902 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CDX1P47902 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CDX1P47902 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CDX1P47902 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CDX1P47902 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CDX1P47902 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CDX1P47902 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms