Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
COL5A3P25940 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC37.92■■■■□ 3.66
COL5A3P25940 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC37.9■■■■□ 3.66
COL5A3P25940 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.89■■■■□ 3.66
COL5A3P25940 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC37.89■■■■□ 3.66
COL5A3P25940 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
COL5A3P25940 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC37.85■■■■□ 3.65
COL5A3P25940 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
COL5A3P25940 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.82■■■■□ 3.65
COL5A3P25940 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
COL5A3P25940 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
COL5A3P25940 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC37.72■■■■□ 3.63
COL5A3P25940 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
COL5A3P25940 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.66■■■■□ 3.62
COL5A3P25940 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC37.62■■■■□ 3.61
COL5A3P25940 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
COL5A3P25940 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
COL5A3P25940 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC37.59■■■■□ 3.61
COL5A3P25940 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
COL5A3P25940 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
COL5A3P25940 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC37.5■■■■□ 3.59
COL5A3P25940 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
COL5A3P25940 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
COL5A3P25940 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
COL5A3P25940 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC37.44■■■■□ 3.58
COL5A3P25940 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC37.44■■■■□ 3.58
COL5A3P25940 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
COL5A3P25940 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
COL5A3P25940 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC37.36■■■■□ 3.57
COL5A3P25940 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
COL5A3P25940 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC37.33■■■■□ 3.57
COL5A3P25940 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.57
COL5A3P25940 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.31■■■■□ 3.56
COL5A3P25940 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
COL5A3P25940 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL5A3P25940 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC37.22■■■■□ 3.55
COL5A3P25940 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC37.22■■■■□ 3.55
COL5A3P25940 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC37.19■■■■□ 3.54
COL5A3P25940 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC37.18■■■■□ 3.54
COL5A3P25940 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
COL5A3P25940 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
COL5A3P25940 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
COL5A3P25940 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.53
COL5A3P25940 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC37.1■■■■□ 3.53
COL5A3P25940 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.53
COL5A3P25940 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.09■■■■□ 3.53
COL5A3P25940 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
COL5A3P25940 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
COL5A3P25940 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
COL5A3P25940 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
COL5A3P25940 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
COL5A3P25940 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC37.02■■■■□ 3.52
COL5A3P25940 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
COL5A3P25940 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
COL5A3P25940 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC36.98■■■■□ 3.51
COL5A3P25940 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC36.96■■■■□ 3.51
COL5A3P25940 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL5A3P25940 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC36.92■■■■□ 3.5
COL5A3P25940 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC36.92■■■■□ 3.5
COL5A3P25940 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
COL5A3P25940 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC36.84■■■■□ 3.49
COL5A3P25940 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
COL5A3P25940 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC36.83■■■■□ 3.49
COL5A3P25940 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
COL5A3P25940 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
COL5A3P25940 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
COL5A3P25940 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
COL5A3P25940 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.76■■■■□ 3.48
COL5A3P25940 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
COL5A3P25940 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC36.73■■■■□ 3.47
COL5A3P25940 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC36.73■■■■□ 3.47
COL5A3P25940 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.67■■■■□ 3.46
COL5A3P25940 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC36.64■■■■□ 3.46
COL5A3P25940 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC36.62■■■■□ 3.45
COL5A3P25940 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
COL5A3P25940 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
COL5A3P25940 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
COL5A3P25940 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
COL5A3P25940 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.53■■■■□ 3.44
COL5A3P25940 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
COL5A3P25940 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
COL5A3P25940 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC36.51■■■■□ 3.44
COL5A3P25940 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
COL5A3P25940 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
COL5A3P25940 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
COL5A3P25940 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC36.46■■■■□ 3.43
COL5A3P25940 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC36.45■■■■□ 3.43
COL5A3P25940 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
COL5A3P25940 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
COL5A3P25940 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC36.4■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC36.39■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
COL5A3P25940 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
COL5A3P25940 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
COL5A3P25940 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71 ms