Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 SPON2-206ENST00000503765 597 ntTSL 314.39□□□□□ -0.114e-6■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RREB1-208ENST00000483150 2833 ntTSL 1 (best)13.35□□□□□ -0.271e-7■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.284e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.024e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.124e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 NELFCD-209ENST00000486263 708 ntTSL 213.54□□□□□ -0.244e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPL19-207ENST00000582193 792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.294e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 PYGB-202ENST00000428458 734 ntTSL 310.76□□□□□ -0.693e-7■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPL19-206ENST00000580333 577 ntTSL 210.42□□□□□ -0.744e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPL19-201ENST00000225430 732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.05□□□□□ -0.84e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPL19-205ENST00000579374 690 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.05□□□□□ -0.84e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 RPARP-AS1-203ENST00000494270 711 ntTSL 2 BASIC8.82□□□□□ -14e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 TMC6-220ENST00000591756 475 ntTSL 217.01■□□□□ 0.319e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 TMC6-217ENST00000590934 386 ntTSL 511.83□□□□□ -0.529e-8■□□□□ 9.1
PRPF4O43172 HPN-204ENST00000593305 2175 ntTSL 221.05■□□□□ 0.964e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 HPN-203ENST00000541345 1820 ntTSL 217.9■□□□□ 0.464e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-207ENST00000473374 891 ntTSL 520.2■□□□□ 0.821e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-204ENST00000462090 1844 ntTSL 519.39■□□□□ 0.691e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-213ENST00000490084 2196 ntTSL 217.97■□□□□ 0.471e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-212ENST00000476304 2421 ntTSL 517.77■□□□□ 0.441e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.321e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-208ENST00000473571 628 ntTSL 316.88■□□□□ 0.291e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-201ENST00000223051 2888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.051e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-205ENST00000462107 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.111e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 TFR2-206ENST00000465294 2763 ntTSL 213.98□□□□□ -0.171e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.451e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 PLXNB1-207ENST00000464294 1025 ntTSL 215.65■□□□□ 0.11e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ELF3-210ENST00000498017 762 ntTSL 215□□□□□ -0.011e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ELF3-209ENST00000495848 899 ntTSL 214.91□□□□□ -0.021e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.041e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.271e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ELF3-208ENST00000490203 885 ntTSL 513.08□□□□□ -0.321e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ELF3-204ENST00000446188 769 ntTSL 511.48□□□□□ -0.571e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ELF3-203ENST00000367284 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.47□□□□□ -0.731e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ACAA1-206ENST00000423611 877 ntTSL 319.07■□□□□ 0.645e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ACAA1-208ENST00000447223 915 ntTSL 315.34■□□□□ 0.055e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 DPY19L4-204ENST00000520774 581 ntTSL 523.53■■□□□ 1.362e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 DPY19L4-206ENST00000522422 680 ntTSL 323.14■■□□□ 1.292e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 DPY19L4-201ENST00000414645 6197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.96□□□□□ -0.812e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PLXNB1-213ENST00000473996 1034 ntTSL 214.32□□□□□ -0.124e-8■□□□□ 9
PRPF4O43172 ETS2-203ENST00000432278 1033 ntTSL 518.51■□□□□ 0.559e-11■□□□□ 9
PRPF4O43172 KDM5B-201ENST00000235790 4418 ntTSL 214.5□□□□□ -0.096e-9■□□□□ 9
PRPF4O43172 ETS2-201ENST00000360214 3936 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.239e-11■□□□□ 9
PRPF4O43172 ETS2-202ENST00000360938 3766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.489e-11■□□□□ 9
PRPF4O43172 ILF3-220ENST00000590869 531 ntTSL 511.97□□□□□ -0.496e-9■□□□□ 9
PRPF4O43172 HDAC6-211ENST00000443563 568 ntTSL 410.35□□□□□ -0.756e-9■□□□□ 9
PRPF4O43172 HDAC6-209ENST00000440653 658 ntTSL 49.46□□□□□ -0.96e-9■□□□□ 9
PRPF4O43172 HDAC6-216ENST00000468949 572 ntTSL 47.91□□□□□ -1.146e-9■□□□□ 9
PRPF4O43172 EIF4G1-224ENST00000444861 2384 ntTSL 1 (best)23.58■■□□□ 1.372e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MSMO1-205ENST00000507013 973 ntTSL 220.33■□□□□ 0.857e-10■□□□□ 9
PRPF4O43172 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.722e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.632e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.552e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MAP3K11-206ENST00000527304 5605 nt17.86■□□□□ 0.453e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.442e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC17.11■□□□□ 0.332e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.242e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.247e-10■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-203ENST00000535095 2431 ntTSL 216.32■□□□□ 0.22e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-211ENST00000553151 564 ntTSL 515.82■□□□□ 0.122e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 ASPSCR1-207ENST00000579684 564 ntTSL 315.67■□□□□ 0.12e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 SMPD4-214ENST00000455548 547 ntTSL 315.5■□□□□ 0.072e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 CCT7-201ENST00000258091 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.012e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.042e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MSMO1-201ENST00000261507 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.097e-10■□□□□ 9
PRPF4O43172 MAP3K11-204ENST00000526293 571 ntTSL 414.13□□□□□ -0.153e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-205ENST00000546753 1862 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.172e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MAP3K11-207ENST00000529839 561 ntTSL 413.7□□□□□ -0.223e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PLS3-207ENST00000489283 926 ntTSL 1 (best)13.36□□□□□ -0.272e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 COMT-211ENST00000493893 354 ntTSL 313.1□□□□□ -0.312e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-201ENST00000261220 1836 ntTSL 2 BASIC12.77□□□□□ -0.372e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MST1L-203ENST00000544155 592 ntTSL 212.67□□□□□ -0.382e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-209ENST00000550777 1779 ntTSL 5 BASIC12.52□□□□□ -0.412e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PLS3-210ENST00000626746 216 ntTSL 4 BASIC12.52□□□□□ -0.412e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 SF3B3-208ENST00000567250 1084 ntTSL 311.62□□□□□ -0.552e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 SMPD4-218ENST00000482171 4298 ntTSL 211.4□□□□□ -0.592e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MST1L-202ENST00000455405 3184 ntTSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.62e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MST1L-205ENST00000624762 3995 ntTSL 510.28□□□□□ -0.762e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-210ENST00000551840 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.24□□□□□ -0.772e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 ENC1-204ENST00000509284 571 ntTSL 49.77□□□□□ -0.852e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-202ENST00000323666 3601 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.44□□□□□ -0.92e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 SF3B3-211ENST00000568291 1067 ntTSL 28.96□□□□□ -0.982e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 EWSR1-211ENST00000437155 933 ntTSL 58.86□□□□□ -0.992e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PLS3-202ENST00000355899 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.06□□□□□ -1.122e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 SF3B3-201ENST00000302516 9720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.97□□□□□ -1.132e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PRMT5-218ENST00000555454 771 ntTSL 57.55□□□□□ -1.22e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 BIRC6-202ENST00000431454 508 ntTSL 37.05□□□□□ -1.282e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 EWSR1-214ENST00000455726 710 ntTSL 36.94□□□□□ -1.32e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 METAP2-207ENST00000549502 513 ntTSL 46.63□□□□□ -1.352e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PLS3-201ENST00000289290 2277 ntTSL 2 BASIC6.04□□□□□ -1.442e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 KMT2D-201ENST00000301067 19419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.7□□□□□ -1.52e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PTPRM-207ENST00000578571 1106 ntTSL 54.95□□□□□ -1.622e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 PTPRM-215ENST00000583289 792 ntTSL 54.67□□□□□ -1.662e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MSMO1-204ENST00000505270 482 ntTSL 34.52□□□□□ -1.697e-10■□□□□ 9
PRPF4O43172 BIRC6-203ENST00000444173 575 ntTSL 44.51□□□□□ -1.692e-6■□□□□ 9
PRPF4O43172 MSMO1-203ENST00000504317 1026 ntTSL 1 (best) BASIC4.25□□□□□ -1.737e-10■□□□□ 9
PRPF4O43172 SUN2-201ENST00000405018 4022 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.188e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 SUN2-202ENST00000405510 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.368e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.152e-7■□□□□ 9
PRPF4O43172 CHRD-214ENST00000482805 608 ntTSL 415.71■□□□□ 0.111e-7■□□□□ 9
Retrieved 100 of 20,551 protein–RNA pairs in 106.5 ms