Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC31.8■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC31.77■■■□□ 2.68
CCDC9Q9Y3X0 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC31.71■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
CCDC9Q9Y3X0 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC31.69■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC31.64■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC31.64■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CCDC9Q9Y3X0 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC31.61■■■□□ 2.65
CCDC9Q9Y3X0 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms