Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
NUP54Q7Z3B4 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
NUP54Q7Z3B4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
NUP54Q7Z3B4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms