Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHHQ15465 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHHQ15465 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SHHQ15465 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SHHQ15465 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHHQ15465 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
SHHQ15465 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHHQ15465 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHHQ15465 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHHQ15465 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
SHHQ15465 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
SHHQ15465 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHHQ15465 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SHHQ15465 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHHQ15465 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
SHHQ15465 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SHHQ15465 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHHQ15465 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHHQ15465 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SHHQ15465 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHHQ15465 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHHQ15465 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
SHHQ15465 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHHQ15465 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHHQ15465 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SHHQ15465 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHHQ15465 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHHQ15465 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SHHQ15465 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SHHQ15465 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SHHQ15465 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHHQ15465 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHHQ15465 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHHQ15465 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SHHQ15465 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHHQ15465 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHHQ15465 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHHQ15465 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHHQ15465 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHHQ15465 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
SHHQ15465 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
SHHQ15465 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SHHQ15465 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
SHHQ15465 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SHHQ15465 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHHQ15465 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SHHQ15465 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHHQ15465 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHHQ15465 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SHHQ15465 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHHQ15465 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHHQ15465 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHHQ15465 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHHQ15465 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
SHHQ15465 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SHHQ15465 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHHQ15465 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHHQ15465 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHHQ15465 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHHQ15465 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHHQ15465 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SHHQ15465 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SHHQ15465 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SHHQ15465 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHHQ15465 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHHQ15465 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHHQ15465 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHHQ15465 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHHQ15465 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHHQ15465 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHHQ15465 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHHQ15465 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHHQ15465 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHHQ15465 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
SHHQ15465 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHHQ15465 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHHQ15465 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
SHHQ15465 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHHQ15465 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHHQ15465 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHHQ15465 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHHQ15465 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHHQ15465 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHHQ15465 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
SHHQ15465 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHHQ15465 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHHQ15465 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHHQ15465 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHHQ15465 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
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