Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SCN4AP35499 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SCN4AP35499 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
SCN4AP35499 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SCN4AP35499 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms