Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
DKK3Q9UBP4 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
DKK3Q9UBP4 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms