Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
VPS39Q96JC1 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60 ms