Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.537e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-210ENST00000586636 938 ntTSL 224.54■■□□□ 1.527e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-237ENST00000592234 571 ntTSL 524.54■■□□□ 1.527e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-232ENST00000591376 830 ntTSL 324.54■■□□□ 1.527e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBE2K-202ENST00000438068 2262 ntTSL 224.53■■□□□ 1.527e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-227ENST00000590188 361 ntTSL 324.16■■□□□ 1.467e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.447e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-203ENST00000444172 584 ntTSL 323.94■■□□□ 1.427e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.427e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.377e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-203ENST00000421450 421 ntTSL 223.54■■□□□ 1.367e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.357e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.317e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.297e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.267e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-206ENST00000585914 1052 ntTSL 522.57■■□□□ 1.27e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.077e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.067e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-212ENST00000587169 3028 ntTSL 221.57■■□□□ 1.047e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 VSIG10L-202ENST00000600663 2297 ntTSL 1 (best)21.48■■□□□ 1.037e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.897e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-204ENST00000433680 465 ntTSL 319.65■□□□□ 0.747e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.737e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZNF292-207ENST00000496806 770 ntTSL 318.9■□□□□ 0.627e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 VSIG10L-201ENST00000335624 3397 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.67e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-228ENST00000590347 3117 ntTSL 218.5■□□□□ 0.557e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CIRBP-242ENST00000593093 3528 ntTSL 218■□□□□ 0.477e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.457e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.457e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 R3HDM2-204ENST00000402412 4372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.427e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 R3HDM2-215ENST00000634871 4092 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.47e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 VPS54-203ENST00000409558 4337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.397e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-209ENST00000619035 2267 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.287e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-211ENST00000621150 1613 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.27e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ABO-201ENST00000453660 6341 ntTSL 1 (best)16.3■□□□□ 0.27e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-206ENST00000612899 4735 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.167e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-201ENST00000237289 4432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.047e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 LINC00969-213ENST00000445707 2363 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.057e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 LINC00969-247ENST00000608737 956 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.077e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 LINC00969-229ENST00000596584 863 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.27e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 LINC00969-281ENST00000626969 745 ntTSL 513.62□□□□□ -0.237e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-202ENST00000420009 698 ntTSL 313.61□□□□□ -0.237e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CR1L-203ENST00000508064 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.357e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-208ENST00000615468 3818 ntTSL 5 BASIC12.61□□□□□ -0.397e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 TNFAIP3-210ENST00000620204 3817 ntTSL 5 BASIC12.07□□□□□ -0.487e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UBE2K-205ENST00000510719 566 ntTSL 311.76□□□□□ -0.537e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 RASA2-201ENST00000286364 5614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.72□□□□□ -0.537e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 AC006978.2-201ENST00000442800 666 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC9.92□□□□□ -0.827e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CR1L-201ENST00000294997 1587 ntTSL 1 (best)9.76□□□□□ -0.857e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 AC015813.1-201ENST00000582096 2483 nt9.73□□□□□ -0.853e-8■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CDC42BPA-208ENST00000442054 3786 ntTSL 1 (best)9.66□□□□□ -0.867e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZNF292-202ENST00000369577 10610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.937e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZNF292-201ENST00000339907 8287 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC7.93□□□□□ -1.147e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZNF292-205ENST00000466062 838 ntTSL 57.58□□□□□ -1.27e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CDC42BPA-209ENST00000448940 7355 ntTSL 1 (best)7.29□□□□□ -1.247e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 LINC00969-211ENST00000438608 525 ntTSL 5 BASIC7.07□□□□□ -1.287e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SENP6-203ENST00000424947 2685 ntTSL 27.04□□□□□ -1.287e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 AC015813.1-203ENST00000585065 4722 ntTSL 2 BASIC6.61□□□□□ -1.353e-8■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 LINC02476-202ENST00000431071 559 ntTSL 4 BASIC6.56□□□□□ -1.367e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 AC015813.1-202ENST00000577267 4056 ntTSL 2 BASIC5.55□□□□□ -1.523e-8■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CDC42BPA-207ENST00000441725 2183 ntTSL 55.19□□□□□ -1.587e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SENP6-208ENST00000483859 1013 ntTSL 34.16□□□□□ -1.747e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SLC26A6-211ENST00000431739 588 ntTSL 319.71■□□□□ 0.752e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SLC26A6-209ENST00000426599 555 ntTSL 419.03■□□□□ 0.642e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 WDR43-202ENST00000407426 3533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.17e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 MGEA5-210ENST00000492204 519 ntTSL 26.76□□□□□ -1.337e-8■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-206ENST00000553999 616 ntTSL 427.68■■■□□ 2.023e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.993e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-211ENST00000557446 559 ntTSL 526.45■■□□□ 1.823e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.583e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.233e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-201ENST00000304834 1633 ntTSL 1 (best)22.52■■□□□ 1.23e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.063e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.939e-17■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.793e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-210ENST00000580380 411 ntTSL 519.8■□□□□ 0.763e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CALR-207ENST00000590325 781 ntTSL 219.17■□□□□ 0.669e-17■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.663e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.653e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-207ENST00000481094 382 ntTSL 519.03■□□□□ 0.643e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 OPA1-204ENST00000361828 6381 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.593e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.573e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-202ENST00000356033 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.453e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 OPA1-205ENST00000361908 6439 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.393e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 OPA1-202ENST00000361510 6492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.393e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-208ENST00000481647 576 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.233e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-205ENST00000470924 663 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.213e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 ZNF330-201ENST00000262990 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -05e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 CALR-206ENST00000588454 776 ntTSL 314.77□□□□□ -0.059e-17■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UIMC1-212ENST00000511320 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.133e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-203ENST00000394997 3922 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.293e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 HIF1A-202ENST00000337138 3919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.343e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 PUM2-210ENST00000442400 955 ntTSL 511.25□□□□□ -0.613e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 JPT1-211ENST00000581874 517 ntTSL 5 BASIC11.23□□□□□ -0.613e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UIMC1-211ENST00000510698 1334 ntTSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.643e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UIMC1-213ENST00000512031 2467 ntTSL 510.9□□□□□ -0.673e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SLC25A36-211ENST00000512506 727 ntTSL 59.82□□□□□ -0.844e-7■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 UIMC1-207ENST00000506128 1945 ntTSL 1 (best) BASIC9.35□□□□□ -0.913e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SLC25A36-209ENST00000511757 1307 ntTSL 28.99□□□□□ -0.973e-6■■■■□ 23.3
U2AF1Q01081 SLC25A36-207ENST00000502866 598 ntTSL 48.01□□□□□ -1.133e-6■■■■□ 23.3
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 56.5 ms