Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 COL6A1-202ENST00000463060 863 ntTSL 514.07□□□□□ -0.169e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 CCDC144NL-202ENST00000539177 443 ntTSL 313.86□□□□□ -0.199e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 CCDC144NL-201ENST00000327925 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.29e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 USP11-207ENST00000478596 970 ntTSL 313.77□□□□□ -0.219e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-220ENST00000497580 3720 ntTSL 213.76□□□□□ -0.219e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 USP11-204ENST00000377107 3515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.269e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 STK25-226ENST00000479442 511 ntTSL 213.42□□□□□ -0.269e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 USP36-222ENST00000592275 594 ntTSL 413.41□□□□□ -0.269e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PPP6R3-225ENST00000534190 1980 ntTSL 213.36□□□□□ -0.279e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 KDM7A-201ENST00000397560 9272 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.319e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PRPF8-207ENST00000573681 1044 ntTSL 213.04□□□□□ -0.329e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 MAN2C1-205ENST00000562067 710 ntTSL 512.98□□□□□ -0.339e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 MAN2C1-221ENST00000564929 851 ntTSL 512.98□□□□□ -0.339e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 LINC-PINT-208ENST00000451786 3505 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.439e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 USP11-206ENST00000469080 3467 ntTSL 1 (best)12.32□□□□□ -0.449e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 SPON2-210ENST00000506266 462 ntTSL 412.29□□□□□ -0.449e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-214ENST00000469528 466 ntTSL 412.13□□□□□ -0.479e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 POLR2C-207ENST00000564651 720 ntTSL 211.97□□□□□ -0.499e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 POLR2C-203ENST00000562953 806 ntTSL 211.87□□□□□ -0.519e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 TMX3-202ENST00000443099 913 ntTSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.569e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 COX19-201ENST00000344111 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.579e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PHYKPL-202ENST00000323594 739 ntTSL 511.46□□□□□ -0.579e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 POLR2C-208ENST00000567982 1135 ntTSL 211.46□□□□□ -0.579e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 POLR2C-202ENST00000562599 748 ntTSL 511.22□□□□□ -0.619e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 EPB41-203ENST00000349460 3029 ntTSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.629e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 TMX3-201ENST00000299608 4927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.639e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 EPB41-207ENST00000373800 2853 ntTSL 1 (best) BASIC10.84□□□□□ -0.679e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 USP11-203ENST00000377080 804 ntTSL 210.65□□□□□ -0.79e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 TMX3-210ENST00000569053 940 ntTSL 1 (best)10.22□□□□□ -0.779e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-209ENST00000449297 2108 ntTSL 510.19□□□□□ -0.789e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 TTYH3-205ENST00000429448 756 ntTSL 210.18□□□□□ -0.789e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 USP11-201ENST00000218348 3338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.789e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PPP6R3-214ENST00000527403 4862 ntTSL 5 BASIC9.96□□□□□ -0.829e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 EPB41-204ENST00000356093 5857 ntTSL 5 BASIC9.75□□□□□ -0.859e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-219ENST00000495955 5309 ntTSL 1 (best) BASIC9.54□□□□□ -0.889e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 EPB41-202ENST00000347529 2676 ntTSL 1 (best) BASIC9.27□□□□□ -0.939e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 SDC2-207ENST00000522911 677 ntTSL 3 BASIC8.97□□□□□ -0.979e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PHYKPL-217ENST00000511716 562 ntTSL 38.81□□□□□ -19e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-204ENST00000394083 4747 ntTSL 5 BASIC8.74□□□□□ -1.019e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 CCDC144NL-203ENST00000539484 751 ntTSL 38.62□□□□□ -1.039e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 FDFT1-212ENST00000528643 1909 ntTSL 2 BASIC8.53□□□□□ -1.049e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DCAF5-208ENST00000556847 2791 ntTSL 5 BASIC8.52□□□□□ -1.059e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DCAF5-205ENST00000554215 4803 ntTSL 1 (best) BASIC8.4□□□□□ -1.079e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 EPB41-201ENST00000343067 5956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.15□□□□□ -1.19e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-207ENST00000394105 5207 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC8.09□□□□□ -1.119e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PHYKPL-205ENST00000476170 824 ntTSL 4 BASIC7.83□□□□□ -1.169e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PPP6R3-210ENST00000526307 4134 ntTSL 27.62□□□□□ -1.199e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-224ENST00000521821 735 ntTSL 27.6□□□□□ -1.199e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 POLR2C-206ENST00000564626 518 ntTSL 27.58□□□□□ -1.29e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 FDFT1-213ENST00000528729 570 ntTSL 37.5□□□□□ -1.219e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-202ENST00000297933 6003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.37□□□□□ -1.239e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-212ENST00000467750 3163 ntTSL 57.19□□□□□ -1.269e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-215ENST00000470056 8923 ntTSL 5 BASIC7.12□□□□□ -1.279e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 FDFT1-208ENST00000525777 1472 ntTSL 2 BASIC7.1□□□□□ -1.279e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 KDM7A-202ENST00000472616 7943 ntTSL 1 (best)6.48□□□□□ -1.379e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-231ENST00000523967 2904 ntTSL 26.44□□□□□ -1.389e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-222ENST00000520645 4598 ntTSL 26.01□□□□□ -1.459e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-226ENST00000522538 565 ntTSL 45.84□□□□□ -1.479e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-229ENST00000523817 545 ntTSL 55.84□□□□□ -1.479e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 GAPVD1-218ENST00000495588 274 ntTSL 55.32□□□□□ -1.569e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 TMX3-206ENST00000564631 1509 ntTSL 1 (best)4.83□□□□□ -1.649e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 AP002373.1-201ENST00000544347 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC4.47□□□□□ -1.699e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-235ENST00000633795 912 ntTSL 1 (best)4.25□□□□□ -1.739e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 LINC01290-201ENST00000566787 502 ntTSL 2 BASIC3.61□□□□□ -1.839e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 PPP6R3-209ENST00000525421 830 ntTSL 53.43□□□□□ -1.869e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 FDFT1-216ENST00000529521 418 ntTSL 22.74□□□□□ -1.979e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DST-223ENST00000521104 3156 ntTSL 22.59□□□□□ -1.999e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.75e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-204ENST00000373966 1875 ntTSL 521.21■□□□□ 0.995e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-202ENST00000322176 925 ntTSL 318.86■□□□□ 0.615e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-203ENST00000373963 1657 ntTSL 518.7■□□□□ 0.585e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-208ENST00000434339 638 ntTSL 313.31□□□□□ -0.285e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-205ENST00000373972 1578 ntTSL 2 BASIC12.96□□□□□ -0.335e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-220ENST00000523282 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.345e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-209ENST00000457935 1091 ntTSL 512.67□□□□□ -0.385e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-215ENST00000519698 482 ntTSL 310.81□□□□□ -0.685e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 DNPEP-216ENST00000519905 576 ntTSL 410.81□□□□□ -0.685e-7■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 TRIP12-207ENST00000428959 584 ntTSL 38.39□□□□□ -1.072e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 EPS8L2-216ENST00000530118 561 ntTSL 315.94■□□□□ 0.143e-8■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 ACIN1-217ENST00000555566 734 ntTSL 311.5□□□□□ -0.574e-8■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.442e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.242e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.92e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 IFNGR2-205ENST00000439213 906 ntTSL 520.25■□□□□ 0.832e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 IFNGR2-206ENST00000545369 966 ntTSL 517.5■□□□□ 0.392e-6■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 MTG1-204ENST00000473735 2212 ntTSL 522.35■■□□□ 1.173e-10■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.43e-10■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.343e-10■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.333e-10■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 MTG1-202ENST00000432508 953 ntTSL 216.34■□□□□ 0.213e-10■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 MTG1-203ENST00000460848 2730 ntTSL 214.76□□□□□ -0.053e-10■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 SLC17A9-204ENST00000459704 2015 ntTSL 317.99■□□□□ 0.473e-10■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-210ENST00000491236 729 ntTSL 217.81■□□□□ 0.446e-9■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-206ENST00000485213 947 ntTSL 217.5■□□□□ 0.396e-9■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-204ENST00000466764 1375 ntTSL 315.91■□□□□ 0.146e-9■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-211ENST00000491240 951 ntTSL 1 (best)15.45■□□□□ 0.066e-9■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.046e-9■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-205ENST00000472897 501 ntTSL 514.93□□□□□ -0.026e-9■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-207ENST00000488216 835 ntTSL 314.78□□□□□ -0.046e-9■□□□□ 10.5
PRPF4O43172 RBM3-208ENST00000489344 724 ntTSL 213.04□□□□□ -0.326e-9■□□□□ 10.5
Retrieved 100 of 20,551 protein–RNA pairs in 271.8 ms