Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 PAX6-245ENST00000638914 7300 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.18□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC091959.3-201ENST00000506502 3311 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.18□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-227ENST00000634425 520 ntTSL 512.17□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-246ENST00000635622 701 ntTSL 312.17□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 URGCP-205ENST00000443736 3596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.17□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-221ENST00000601236 455 ntTSL 312.15□□□□□ -0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-214ENST00000622680 781 ntTSL 1 (best)12.14□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM86B3P-202ENST00000522601 1409 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-208ENST00000379132 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.13□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-224ENST00000531910 1958 ntTSL 512.13□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYL6B-209ENST00000551834 562 ntTSL 412.12□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HERC2P3-204ENST00000426501 5995 ntTSL 1 (best) BASIC12.12□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MPRIP-205ENST00000395811 10960 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.11□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-212ENST00000446046 7952 ntTSL 1 (best) BASIC12.11□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-266ENST00000640242 1298 ntTSL 512.11□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHAF1B-202ENST00000480486 1152 ntTSL 312.11□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BIVM-201ENST00000257336 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL20RB-201ENST00000329582 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CD44-209ENST00000433892 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHMP1B-201ENST00000526991 3054 ntAPPRIS P1 BASIC12.08□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARPC1B-216ENST00000474880 709 ntTSL 512.08□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-210ENST00000538340 434 ntTSL 512.08□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DBF4B-206ENST00000527862 1998 ntTSL 1 (best)12.07□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLGN3-205ENST00000536169 3863 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.07□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-207ENST00000549937 761 ntTSL 512.06□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMAD7-205ENST00000587336 549 ntTSL 412.05□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AKT2-222ENST00000489375 734 ntTSL 512.03□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERGIC1-204ENST00000519567 501 ntTSL 412.03□□□□□ -0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CNTROB-211ENST00000576536 561 ntTSL 312.02□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-243ENST00000638903 2620 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LRRC8B-202ENST00000358200 1957 ntTSL 5 BASIC12.01□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RFFL-205ENST00000415395 1706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.01□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BTBD10-206ENST00000527102 2338 ntTSL 212.01□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENOX2-203ENST00000370935 3963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABI1-204ENST00000376138 3503 ntTSL 1 (best) BASIC12□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GSTM4-209ENST00000485640 848 ntTSL 511.99□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCP2-202ENST00000519149 614 ntTSL 311.99□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BCL6-206ENST00000450123 2003 ntTSL 1 (best) BASIC11.98□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF34-207ENST00000554868 459 ntTSL 511.97□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-214ENST00000532669 617 ntTSL 511.96□□□□□ -0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM214A-208ENST00000562351 2993 ntTSL 5 BASIC11.96□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FRMD4A-210ENST00000632314 1236 ntTSL 511.95□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATG5-204ENST00000369076 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNRC6A-205ENST00000464539 1853 ntTSL 1 (best)11.95□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CNOT6L-204ENST00000506166 781 ntTSL 211.94□□□□□ -0.52e-15■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC110285.1-203ENST00000570301 596 ntTSL 311.94□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-234ENST00000638346 1863 ntTSL 511.94□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-201ENST00000245865 2959 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AK4-201ENST00000327299 6836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP3A-210ENST00000580713 474 ntTSL 211.92□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MARCH7-207ENST00000473749 821 ntTSL 311.92□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NSL1-206ENST00000626725 790 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACAD11-201ENST00000264990 4142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-204ENST00000430095 2366 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SUPT7L-204ENST00000406540 2869 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCP2-208ENST00000522823 628 ntTSL 211.9□□□□□ -0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL513165.2-201ENST00000544475 2999 ntTSL 1 (best)11.89□□□□□ -0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIK3CD-207ENST00000543390 3503 ntTSL 5 BASIC11.89□□□□□ -0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MOB1A-201ENST00000396049 4885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.511e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-207ENST00000396923 5636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCK-218ENST00000511011 560 ntTSL 411.87□□□□□ -0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYO9B-219ENST00000602177 524 ntTSL 311.87□□□□□ -0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FANCA-211ENST00000563510 633 ntTSL 511.87□□□□□ -0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EZH1-211ENST00000586867 1031 ntTSL 511.84□□□□□ -0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPARGC1B-204ENST00000403750 3146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATG5-203ENST00000369070 3088 ntTSL 1 (best)11.83□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KALRN-205ENST00000393496 3190 ntTSL 211.83□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAUS1-209ENST00000592206 879 ntTSL 311.83□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IMP4-214ENST00000475074 512 ntTSL 211.83□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHD2-217ENST00000629136 480 ntTSL 511.82□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-206ENST00000517822 583 ntTSL 411.82□□□□□ -0.521e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 ANKRD42-209ENST00000533342 1949 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AVIL-201ENST00000257861 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARMCX3-202ENST00000467808 506 ntTSL 211.8□□□□□ -0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CALM2-206ENST00000482532 1891 ntTSL 211.76□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SGK1-204ENST00000367858 3201 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CLUHP3-201ENST00000254109 1812 ntTSL 1 (best) BASIC11.75□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-236ENST00000635052 570 ntTSL 511.75□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-206ENST00000507872 1250 ntTSL 211.75□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SRSF3-204ENST00000613941 595 ntTSL 411.75□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-212ENST00000531607 462 ntTSL 311.75□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-234ENST00000634802 599 ntTSL 411.75□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R3-202ENST00000361740 2938 ntTSL 2 BASIC11.75□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PCYOX1-204ENST00000433351 5345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-252ENST00000639079 2608 ntTSL 511.74□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-218ENST00000544373 1653 ntTSL 1 (best) BASIC11.73□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-204ENST00000356005 7846 ntTSL 1 (best) BASIC11.72□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC139493.2-201ENST00000508056 1612 ntTSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL136295.5-201ENST00000558468 4798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.71□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-230ENST00000634527 732 ntTSL 511.7□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC018797.2-201ENST00000501133 883 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-229ENST00000638698 1302 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNE-203ENST00000447283 2174 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEXA-216ENST00000569509 590 ntTSL 411.68□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLR3A-205ENST00000616246 1668 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AACSP1-201ENST00000503486 2822 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-211ENST00000579340 1168 ntTSL 5 BASIC11.66□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MSH3-201ENST00000265081 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNLS-202ENST00000371947 3385 ntTSL 2 BASIC11.65□□□□□ -0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MDH1-203ENST00000409908 700 ntTSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.558e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1980.9 ms