Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 GLI2-210ENST00000452319 6799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
VMP1Q96GC9 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
VMP1Q96GC9 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms