RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000264039.6

GPC1-201, Transcript of glypican 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene GPC1, Length 3,713 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GPC1-201ENST00000264039 NISCHQ9Y2I1 1504 aa28.14■■■□□ 2.1
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GPC1-201ENST00000264039 PCGF6Q9BYE7 350 aa27.16■■□□□ 1.94
GPC1-201ENST00000264039 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa27.11■■□□□ 1.93
GPC1-201ENST00000264039 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP26.95■■□□□ 1.9
GPC1-201ENST00000264039 HRCP23327 699 aa26.92■■□□□ 1.9
GPC1-201ENST00000264039 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.43■■□□□ 1.82
GPC1-201ENST00000264039 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP26.38■■□□□ 1.81
GPC1-201ENST00000264039 EHMT2Q96KQ7 1210 aa26.14■■□□□ 1.78
GPC1-201ENST00000264039 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.9■■□□□ 1.74
GPC1-201ENST00000264039 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.87■■□□□ 1.73
GPC1-201ENST00000264039 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP25.63■■□□□ 1.69
GPC1-201ENST00000264039 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP25.63■■□□□ 1.69
GPC1-201ENST00000264039 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP25.61■■□□□ 1.69
GPC1-201ENST00000264039 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP25.49■■□□□ 1.67
GPC1-201ENST00000264039 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP25.42■■□□□ 1.66
GPC1-201ENST00000264039 MYT1Q01538 1121 aa25.39■■□□□ 1.66
GPC1-201ENST00000264039 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP25.39■■□□□ 1.65
GPC1-201ENST00000264039 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.38■■□□□ 1.65
GPC1-201ENST00000264039 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP25.36■■□□□ 1.65
GPC1-201ENST00000264039 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa25.3■■□□□ 1.64
GPC1-201ENST00000264039 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP25.26■■□□□ 1.63
GPC1-201ENST00000264039 NEUROD1Q13562 356 aa25.1■■□□□ 1.61
GPC1-201ENST00000264039 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
GPC1-201ENST00000264039 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP25.07■■□□□ 1.6
GPC1-201ENST00000264039 TRIM41Q8WV44 630 aa24.94■■□□□ 1.58
GPC1-201ENST00000264039 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP24.93■■□□□ 1.58
GPC1-201ENST00000264039 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa24.69■■□□□ 1.54
GPC1-201ENST00000264039 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP24.21■■□□□ 1.47
GPC1-201ENST00000264039 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
GPC1-201ENST00000264039 BCANQ96GW7 911 aa24.19■■□□□ 1.46
GPC1-201ENST00000264039 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP24.17■■□□□ 1.46
GPC1-201ENST00000264039 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa24.17■■□□□ 1.46
GPC1-201ENST00000264039 MIER1Q8N108 512 aa24.12■■□□□ 1.45
GPC1-201ENST00000264039 UBTFP17480 764 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
GPC1-201ENST00000264039 ERICH6Q7L0X2 663 aa23.98■■□□□ 1.43
GPC1-201ENST00000264039 APLP2Q06481 763 aa23.94■■□□□ 1.42
GPC1-201ENST00000264039 BCL11AQ9H165 835 aa23.94■■□□□ 1.42
GPC1-201ENST00000264039 NEFLP07196 543 aa23.79■■□□□ 1.4
GPC1-201ENST00000264039 ANP32EQ9BTT0 268 aa23.77■■□□□ 1.4
GPC1-201ENST00000264039 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP23.71■■□□□ 1.39
GPC1-201ENST00000264039 CSRNP3Q8WYN3 585 aa23.64■■□□□ 1.38
GPC1-201ENST00000264039 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP23.63■■□□□ 1.37
GPC1-201ENST00000264039 ITGAEP38570 1179 aa23.6■■□□□ 1.37
GPC1-201ENST00000264039 FKBP8Q14318 412 aa23.58■■□□□ 1.36
GPC1-201ENST00000264039 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa23.5■■□□□ 1.35
GPC1-201ENST00000264039 TRIM52Q96A61 297 aa23.3■■□□□ 1.32
GPC1-201ENST00000264039 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP23.21■■□□□ 1.31
GPC1-201ENST00000264039 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP23.18■■□□□ 1.3
GPC1-201ENST00000264039 CLSPNQ9HAW4 1339 aa23.17■■□□□ 1.3
GPC1-201ENST00000264039 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP23.16■■□□□ 1.3
GPC1-201ENST00000264039 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP23.16■■□□□ 1.3
GPC1-201ENST00000264039 KCNH8Q96L42 1107 aa23.15■■□□□ 1.3
GPC1-201ENST00000264039 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP23.14■■□□□ 1.29
GPC1-201ENST00000264039 NBR1Q14596 966 aa23.12■■□□□ 1.29
GPC1-201ENST00000264039 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP23.11■■□□□ 1.29
GPC1-201ENST00000264039 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP23.1■■□□□ 1.29
GPC1-201ENST00000264039 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.07■■□□□ 1.28
GPC1-201ENST00000264039 CEP162Q5TB80 1403 aa22.99■■□□□ 1.27
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GPC1-201ENST00000264039 ANP32CO43423 234 aa22.93■■□□□ 1.26
GPC1-201ENST00000264039 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP22.89■■□□□ 1.25
GPC1-201ENST00000264039 ABCC9O60706 1549 aa22.86■■□□□ 1.25
GPC1-201ENST00000264039 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa22.85■■□□□ 1.25
GPC1-201ENST00000264039 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP22.85■■□□□ 1.25
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GPC1-201ENST00000264039 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP22.8■■□□□ 1.24
GPC1-201ENST00000264039 SCRIBQ14160 1630 aa22.77■■□□□ 1.24
GPC1-201ENST00000264039 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP22.77■■□□□ 1.23
GPC1-201ENST00000264039 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP22.75■■□□□ 1.23
GPC1-201ENST00000264039 POLR3GLQ9BT43 218 aa22.73■■□□□ 1.23
GPC1-201ENST00000264039 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP22.7■■□□□ 1.23
GPC1-201ENST00000264039 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa22.69■■□□□ 1.22
GPC1-201ENST00000264039 CCDC136Q96JN2 1154 aa22.69■■□□□ 1.22
GPC1-201ENST00000264039 SOGA1O94964 1423 aa22.66■■□□□ 1.22
GPC1-201ENST00000264039 ANO8Q9HCE9 1232 aaPredicted RBP22.61■■□□□ 1.21
GPC1-201ENST00000264039 ZBTB4Q9P1Z0 1013 aaPredicted RBP22.61■■□□□ 1.21
GPC1-201ENST00000264039 SIN3AQ96ST3 1273 aa22.6■■□□□ 1.21
GPC1-201ENST00000264039 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.6■■□□□ 1.21
GPC1-201ENST00000264039 MSH5O43196 834 aa22.6■■□□□ 1.21
GPC1-201ENST00000264039 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa22.59■■□□□ 1.21
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GPC1-201ENST00000264039 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP22.55■■□□□ 1.2
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GPC1-201ENST00000264039 CECR2Q9BXF3 1484 aa22.5■■□□□ 1.19
GPC1-201ENST00000264039 MYT1LQ9UL68 1186 aa22.47■■□□□ 1.19
GPC1-201ENST00000264039 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP22.46■■□□□ 1.19
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GPC1-201ENST00000264039 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.41■■□□□ 1.18
GPC1-201ENST00000264039 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP22.39■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP22.38■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP22.37■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.36■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP22.36■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 P3H3Q8IVL6 736 aa22.36■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 GOLGA3Q08378 1498 aa22.34■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 PPP4R2Q9NY27 417 aa22.3■■□□□ 1.16
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