Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-210ENST00000608272 612 ntTSL 514.48□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-215ENST00000544543 883 ntTSL 514.48□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-251ENST00000640870 1687 ntTSL 514.47□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-206ENST00000463750 1510 ntTSL 214.47□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TET2-209ENST00000540549 10166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TET2-207ENST00000513237 10166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-237ENST00000638696 1203 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SOAT1-203ENST00000539888 6794 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-205ENST00000450056 3250 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUP85-215ENST00000580879 583 ntTSL 314.45□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.44□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLGN3-204ENST00000476589 3153 ntTSL 1 (best)14.44□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-208ENST00000567554 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.44□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAIAP2-218ENST00000574804 631 ntTSL 314.44□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RPGR-206ENST00000474584 2268 ntTSL 214.43□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MOB1A-206ENST00000497054 784 ntTSL 214.42□□□□□ -0.11e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXO42-202ENST00000444116 945 ntTSL 514.41□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOX4-205ENST00000455393 2000 ntTSL 214.41□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMNL3-205ENST00000550488 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.41□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNASE1L1-203ENST00000369807 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best)14.41□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-206ENST00000547210 568 ntTSL 414.41□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-216ENST00000591084 723 ntTSL 314.4□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C12orf49-202ENST00000547606 492 ntTSL 314.4□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SFI1-211ENST00000450787 448 ntTSL 514.4□□□□□ -0.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRDMT1-203ENST00000377799 3527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PBRM1-219ENST00000462207 1921 ntTSL 214.39□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNAJC3-AS1-201ENST00000499499 2908 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC093899.2-201ENST00000513963 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NR3C1-201ENST00000231509 3556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 URGCP-207ENST00000453200 4042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AQP3-202ENST00000463983 1109 ntTSL 214.37□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUTM2B-AS1-206ENST00000488805 463 ntTSL 314.37□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNLS-205ENST00000481793 591 ntTSL 214.37□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-220ENST00000560998 1997 ntTSL 514.36□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SART3-208ENST00000547528 1935 ntTSL 1 (best)14.36□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHAF1A-202ENST00000585371 884 ntTSL 514.36□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMC1-201ENST00000297534 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FGD6-203ENST00000546711 4568 ntTSL 5 BASIC14.34□□□□□ -0.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GDPD5-215ENST00000533805 2424 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-209ENST00000420765 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-206ENST00000586476 1930 ntTSL 214.31□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLRP2-210ENST00000539848 577 ntTSL 514.3□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LIMS1-204ENST00000409441 1627 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-205ENST00000394283 2595 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-207ENST00000437179 3667 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WASHC2A-209ENST00000611324 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 YPEL3-212ENST00000570099 669 ntTSL 314.28□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-203ENST00000345201 4071 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-213ENST00000560127 573 ntTSL 414.27□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL662899.2-201ENST00000503322 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SUPT7L-203ENST00000405491 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-213ENST00000454389 4159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMC1-204ENST00000482181 386 ntTSL 214.25□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-206ENST00000379123 1923 ntTSL 514.25□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WASHC2A-203ENST00000351071 4642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM74B-201ENST00000381894 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MKS1-201ENST00000313863 2091 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CALB1-201ENST00000265431 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR46-238ENST00000488944 538 ntTSL 314.24□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-207ENST00000496756 508 ntTSL 214.24□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL117329.1-203ENST00000438810 585 ntTSL 314.23□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-205ENST00000352931 4023 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-214ENST00000455077 3775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCE-207ENST00000543662 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-204ENST00000418549 558 ntTSL 414.22□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MICB-202ENST00000399150 2346 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-209ENST00000438530 3825 ntTSL 1 (best)14.21□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-205ENST00000535295 1732 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PDCD11-202ENST00000466959 500 ntTSL 214.2□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC39A8-203ENST00000424970 4032 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PANK1-205ENST00000488482 572 ntTSL 214.19□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-203ENST00000462324 767 ntTSL 514.18□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF33A-205ENST00000469037 1530 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WNT7A-201ENST00000285018 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLM-201ENST00000242248 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC35D1-201ENST00000235345 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-242ENST00000635443 1053 ntTSL 514.16□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-280ENST00000640872 2367 ntTSL 1 (best)14.16□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAMP2-201ENST00000200639 1867 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-216ENST00000538235 687 ntTSL 314.15□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-210ENST00000535527 746 ntTSL 314.15□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-230ENST00000524209 553 ntTSL 414.15□□□□□ -0.151e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNA12-204ENST00000447791 559 ntTSL 414.15□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GYG2-206ENST00000453106 1158 ntTSL 214.14□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-215ENST00000457377 3600 ntTSL 1 (best)14.13□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-207ENST00000521086 2966 ntTSL 1 (best)14.13□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-216ENST00000621201 1301 ntTSL 5 BASIC14.13□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CLUHP3-204ENST00000525610 1449 ntTSL 214.12□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF589-202ENST00000412564 593 ntTSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLGN3-201ENST00000358741 3046 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.11□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CD44-203ENST00000278386 484 ntTSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-204ENST00000535266 533 ntTSL 514.11□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HDAC1-209ENST00000484305 561 ntTSL 514.11□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYTH1-206ENST00000586299 4423 nt14.1□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEXA-207ENST00000566672 1397 ntTSL 214.1□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOMM40L-209ENST00000545897 2807 ntTSL 2 BASIC14.1□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PBRM1-204ENST00000394830 5071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC009690.1-201ENST00000379915 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.09□□□□□ -0.158e-6■■■■■ 107
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