Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIMA1Q9UHB6 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIMA1Q9UHB6 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.03■■□□□ 1.76
LIMA1Q9UHB6 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms