Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 RAP1GAP-201ENST00000290101 3584 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 RAP1GAP-209ENST00000471600 3238 ntTSL 512.76□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 RAP1GAP-206ENST00000374765 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.76□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 RAP1GAP-212ENST00000542643 3426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.562e-6■■■■■ 49.4
SF3A3Q12874 SCARNA9-201ENST00000530422 353 ntBASIC7.98□□□□□ -1.131e-323■■■■■ 49.3
SF3A3Q12874 CEP295-206ENST00000531700 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.66□□□□□ -1.51e-323■■■■■ 49.3
SF3A3Q12874 CEP295-201ENST00000325212 8057 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC4.48□□□□□ -1.691e-323■■■■■ 49.3
SF3A3Q12874 CEP295-203ENST00000530425 1735 ntAPPRIS ALT2 TSL 43.56□□□□□ -1.841e-323■■■■■ 49.3
SF3A3Q12874 ANKRD13D-210ENST00000508422 477 ntTSL 217.46■□□□□ 0.396e-21■■■■■ 49.3
SF3A3Q12874 CPSF1-205ENST00000531042 580 ntTSL 513.47□□□□□ -0.255e-7■■■■■ 49.2
SF3A3Q12874 HDGFL2-209ENST00000619255 320 ntTSL 317■□□□□ 0.316e-7■■■■■ 49.2
SF3A3Q12874 MAMDC4-203ENST00000479475 2603 ntTSL 1 (best)20.01■□□□□ 0.796e-8■■■■■ 49.2
SF3A3Q12874 PPP6R1-206ENST00000591323 848 ntTSL 313.84□□□□□ -0.198e-11■■■■■ 49
SF3A3Q12874 VWCE-204ENST00000535599 883 ntTSL 215.11■□□□□ 0.012e-9■■■■■ 49
SF3A3Q12874 OSBPL7-205ENST00000580140 1594 ntTSL 220.06■□□□□ 0.81e-6■■■■■ 49
SF3A3Q12874 OSBPL7-211ENST00000613735 2836 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.131e-6■■■■■ 49
SF3A3Q12874 OSBPL7-202ENST00000392507 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.131e-6■■■■■ 49
SF3A3Q12874 OSBPL7-201ENST00000007414 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.63□□□□□ -0.391e-6■■■■■ 49
SF3A3Q12874 OSBPL7-204ENST00000579728 4104 ntTSL 511.62□□□□□ -0.551e-6■■■■■ 49
SF3A3Q12874 OSBPL7-209ENST00000584698 688 ntTSL 28.9□□□□□ -0.981e-6■■■■■ 49
SF3A3Q12874 CERS2-202ENST00000345896 2170 ntTSL 231.18■■■□□ 2.581e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.281e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.961e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-203ENST00000361419 997 ntTSL 225.99■■□□□ 1.751e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-209ENST00000482825 1618 ntTSL 513.53□□□□□ -0.241e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-208ENST00000460664 850 ntTSL 313.38□□□□□ -0.271e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-210ENST00000558062 896 ntTSL 213.21□□□□□ -0.291e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-204ENST00000368949 1002 ntTSL 513.09□□□□□ -0.311e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-214ENST00000561294 1803 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.331e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-213ENST00000560793 1661 ntTSL 1 (best)7.7□□□□□ -1.181e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 CERS2-212ENST00000559660 242 ntTSL 51.94□□□□□ -2.11e-8■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 INTS11-212ENST00000462432 2863 ntTSL 1 (best)11.8□□□□□ -0.525e-7■■■■■ 48.8
SF3A3Q12874 C3-211ENST00000599668 627 ntTSL 37.06□□□□□ -1.287e-12■■■■■ 48.7
SF3A3Q12874 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.754e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 AL365205.1-201ENST00000456057 3947 ntTSL 218.28■□□□□ 0.524e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.214e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.154e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.154e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 AL365205.1-204ENST00000359201 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.114e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 AL365205.1-203ENST00000335515 2871 ntTSL 215.22■□□□□ 0.034e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 AL365205.1-202ENST00000487182 3043 ntTSL 213.51□□□□□ -0.254e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 CNOT1-214ENST00000568917 1317 ntTSL 59.21□□□□□ -0.944e-12■■■■■ 48.4
SF3A3Q12874 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.244e-7■■■■■ 48.3
SF3A3Q12874 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 48.3
SF3A3Q12874 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.72e-6■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 BSG-205ENST00000571735 2155 ntTSL 216.79■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 CPT1A-202ENST00000376618 2635 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.029e-8■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.022e-6■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 ABCA7-219ENST00000612569 876 ntTSL 314.8□□□□□ -0.041e-8■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 CPT1A-205ENST00000539743 2382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.249e-8■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 CPT1A-206ENST00000540367 2496 ntTSL 1 (best) BASIC12.12□□□□□ -0.479e-8■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 CPT1A-201ENST00000265641 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.559e-8■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 CPT1A-208ENST00000565318 511 ntTSL 58.72□□□□□ -1.019e-8■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 CPT1A-209ENST00000569129 499 ntTSL 48.37□□□□□ -1.079e-8■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 NCAPH-207ENST00000477409 1573 ntTSL 1 (best)10.58□□□□□ -0.721e-7■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 NCAPH-204ENST00000435975 1852 ntTSL 1 (best)10.27□□□□□ -0.771e-7■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 NCAPH-201ENST00000240423 2763 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.12□□□□□ -0.951e-7■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 NCAPH-202ENST00000427946 2363 ntTSL 2 BASIC8.59□□□□□ -1.031e-7■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 NCAPH-205ENST00000455200 2952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.17□□□□□ -1.11e-7■■■■■ 48.2
SF3A3Q12874 CPT1B-202ENST00000360719 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.053e-7■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 CPT1B-208ENST00000460853 757 ntTSL 213.01□□□□□ -0.333e-7■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 CPT1B-207ENST00000457250 2217 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.443e-7■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.291e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.21e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-210ENST00000587463 461 ntTSL 516.19■□□□□ 0.181e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-215ENST00000588879 535 ntTSL 516.19■□□□□ 0.181e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-223ENST00000591736 573 ntTSL 416.19■□□□□ 0.181e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-217ENST00000589886 472 ntTSL 415.08■□□□□ 01e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-229ENST00000592771 1937 ntTSL 1 (best)14.86□□□□□ -0.031e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-224ENST00000591881 575 ntTSL 514.71□□□□□ -0.051e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-211ENST00000587479 547 ntTSL 413.74□□□□□ -0.211e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-208ENST00000587263 579 ntTSL 513.08□□□□□ -0.321e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-221ENST00000591124 575 ntTSL 412.57□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-203ENST00000439268 3186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.55□□□□□ -0.41e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-202ENST00000340578 3233 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-228ENST00000592621 818 ntTSL 510.7□□□□□ -0.71e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-207ENST00000587159 554 ntTSL 510.04□□□□□ -0.81e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-216ENST00000589353 490 ntTSL 59.81□□□□□ -0.841e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-225ENST00000592133 562 ntTSL 49.32□□□□□ -0.921e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-219ENST00000590953 571 ntTSL 39.19□□□□□ -0.941e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-205ENST00000586117 524 ntTSL 48.78□□□□□ -11e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-218ENST00000590623 786 ntTSL 58□□□□□ -1.131e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-204ENST00000585339 566 ntTSL 45.88□□□□□ -1.471e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 RANBP3-214ENST00000588010 568 ntTSL 54.17□□□□□ -1.741e-6■■■■■ 48.1
SF3A3Q12874 AGO2-205ENST00000519980 3141 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.223e-6■■■■■ 48
SF3A3Q12874 AGO2-209ENST00000523609 3050 ntTSL 1 (best)12.47□□□□□ -0.413e-6■■■■■ 48
SF3A3Q12874 AGO2-201ENST00000220592 14581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.473e-6■■■■■ 48
SF3A3Q12874 CYP4F12-210ENST00000548237 630 ntTSL 412.38□□□□□ -0.432e-9■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 CYP4F12-208ENST00000547332 593 ntTSL 48.42□□□□□ -1.062e-9■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 KDM2B-216ENST00000543025 2522 ntTSL 1 (best)17.68■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 KDM2B-205ENST00000536437 2762 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 KDM2B-202ENST00000377071 4595 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 KDM2B-219ENST00000611216 3434 ntTSL 5 BASIC14.36□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 KDM2B-209ENST00000538503 6676 ntTSL 514.28□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 47.8
SF3A3Q12874 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC12.48□□□□□ -0.414e-10■■■■■ 47.8
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