Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms