Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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CLIP4Q8N3C7 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CLIP4Q8N3C7 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CLIP4Q8N3C7 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CLIP4Q8N3C7 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CLIP4Q8N3C7 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CLIP4Q8N3C7 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
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CLIP4Q8N3C7 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
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CLIP4Q8N3C7 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CLIP4Q8N3C7 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
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