Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC9Q9Y3X0 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms