Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM6-207ENST00000515311 545 ntTSL 422.54■■□□□ 1.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP3A-219ENST00000584887 545 ntTSL 522.53■■□□□ 1.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP3A-204ENST00000472959 913 ntTSL 322.52■■□□□ 1.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-255ENST00000504927 542 ntTSL 422.49■■□□□ 1.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-215ENST00000552382 1516 ntTSL 322.45■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC25A43-204ENST00000493093 896 ntTSL 322.41■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-205ENST00000438258 493 ntTSL 422.39■■□□□ 1.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED25-208ENST00000599722 504 ntTSL 322.37■■□□□ 1.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPT1-209ENST00000540472 355 ntTSL 522.35■■□□□ 1.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS16-207ENST00000481812 943 ntTSL 522.27■■□□□ 1.168e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FGD6-202ENST00000451107 2232 ntTSL 1 (best)22.25■■□□□ 1.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CALM2-207ENST00000484408 682 ntTSL 522.25■■□□□ 1.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C12orf49-203ENST00000547630 1371 ntTSL 1 (best)22.24■■□□□ 1.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF1-202ENST00000613817 1859 ntTSL 222.19■■□□□ 1.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNASE1L1-211ENST00000451865 904 ntTSL 522.18■■□□□ 1.148e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STK32B-206ENST00000512018 1989 ntTSL 1 (best)22.12■■□□□ 1.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-206ENST00000530160 554 ntTSL 422.1■■□□□ 1.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.133e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARPC1B-219ENST00000484600 582 ntTSL 222.03■■□□□ 1.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BCL7B-203ENST00000416906 519 ntTSL 522.02■■□□□ 1.128e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB35-206ENST00000544304 2449 ntTSL 221.99■■□□□ 1.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CRELD2-205ENST00000444954 598 ntTSL 321.99■■□□□ 1.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-214ENST00000560163 877 ntTSL 421.98■■□□□ 1.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TAOK2-206ENST00000570844 1721 ntTSL 221.98■■□□□ 1.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQCE-202ENST00000325997 2235 ntTSL 1 (best)21.97■■□□□ 1.118e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC38A1-208ENST00000550173 891 ntTSL 521.93■■□□□ 1.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IFT140-210ENST00000569646 643 ntTSL 321.82■■□□□ 1.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COL9A3-210ENST00000472880 959 ntTSL 321.81■■□□□ 1.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-210ENST00000559586 889 ntTSL 521.79■■□□□ 1.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KPNA1-210ENST00000494339 1923 ntTSL 221.77■■□□□ 1.088e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID4A-208ENST00000445108 965 ntTSL 321.74■■□□□ 1.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KMT2D-202ENST00000526209 859 ntTSL 321.73■■□□□ 1.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C15orf41-213ENST00000567573 665 ntTSL 521.72■■□□□ 1.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BCL7B-204ENST00000448175 848 ntTSL 521.72■■□□□ 1.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TES-210ENST00000496871 961 ntTSL 1 (best)21.72■■□□□ 1.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IPO11-207ENST00000505902 530 ntTSL 421.69■■□□□ 1.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-213ENST00000575604 382 ntTSL 321.68■■□□□ 1.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP3A-213ENST00000582230 588 ntTSL 421.66■■□□□ 1.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.65■■□□□ 1.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-204ENST00000419857 578 ntTSL 421.64■■□□□ 1.051e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 CEP104-209ENST00000494653 2174 ntTSL 1 (best)21.64■■□□□ 1.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-259ENST00000507046 573 ntTSL 421.62■■□□□ 1.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-265ENST00000509639 615 ntTSL 421.62■■□□□ 1.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SEPT9-223ENST00000589140 552 ntTSL 421.6■■□□□ 1.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-210ENST00000637104 2285 ntTSL 521.59■■□□□ 1.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP23-213ENST00000566327 568 ntTSL 421.57■■□□□ 1.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HSD17B12-212ENST00000636722 540 ntTSL 421.56■■□□□ 1.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLOT2-208ENST00000582174 703 ntTSL 321.55■■□□□ 1.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ECSIT-212ENST00000592571 941 ntTSL 221.53■■□□□ 1.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-266ENST00000511510 547 ntTSL 521.52■■□□□ 1.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-274ENST00000513749 584 ntTSL 521.52■■□□□ 1.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-212ENST00000568287 839 ntTSL 521.49■■□□□ 1.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-280ENST00000515881 956 ntTSL 321.49■■□□□ 1.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-221ENST00000459656 1901 ntTSL 1 (best)21.47■■□□□ 1.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NDUFV1-210ENST00000527923 594 ntTSL 221.46■■□□□ 1.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-208ENST00000416140 1022 ntTSL 521.45■■□□□ 1.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IMP4-210ENST00000462392 1793 ntTSL 321.45■■□□□ 1.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C15orf41-215ENST00000570265 1265 ntTSL 221.44■■□□□ 1.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTLL7-211ENST00000482783 553 ntTSL 521.38■■□□□ 1.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PALM-211ENST00000633534 879 ntTSL 321.37■■□□□ 1.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRR12-202ENST00000593853 265 ntTSL 321.36■■□□□ 1.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF148-204ENST00000471196 566 ntTSL 421.35■■□□□ 1.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIAS2-211ENST00000590127 1838 ntTSL 1 (best)21.33■■□□□ 1.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAGH-212ENST00000569700 1156 ntTSL 1 (best)21.32■■□□□ 18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPT1-214ENST00000545812 681 ntTSL 321.29■■□□□ 18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 18e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC21.27■□□□□ 0.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-207ENST00000565603 995 ntTSL 321.24■□□□□ 0.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DEAF1-210ENST00000529717 705 ntTSL 521.24■□□□□ 0.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-211ENST00000567700 2196 ntTSL 221.22■□□□□ 0.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KLHL8-204ENST00000504029 593 ntTSL 421.18■□□□□ 0.988e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1607.5 ms