RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472959.5

TOP3A-204, Transcript of DNA topoisomerase III alpha, humanhuman

TSL 3

Gene TOP3A, Length 913 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TOP3A-204ENST00000472959 NISCHQ9Y2I1 1504 aa49.88■■■■■ 5.58
TOP3A-204ENST00000472959 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa44.15■■■■■ 4.66
TOP3A-204ENST00000472959 ABCC9O60706 1549 aa42.98■■■■■ 4.47
TOP3A-204ENST00000472959 DCAF8L2P0C7V8 631 aa41.61■■■■■ 4.25
TOP3A-204ENST00000472959 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP41.6■■■■■ 4.25
TOP3A-204ENST00000472959 NACADO15069 1562 aa41.53■■■■■ 4.24
TOP3A-204ENST00000472959 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa41.48■■■■■ 4.23
TOP3A-204ENST00000472959 MYO15BQ96JP2 1530 aa41.41■■■■■ 4.22
TOP3A-204ENST00000472959 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa41.31■■■■■ 4.2
TOP3A-204ENST00000472959 UNC13AQ9UPW8 1703 aa40.36■■■■■ 4.05
TOP3A-204ENST00000472959 SCRIBQ14160 1630 aa40.29■■■■■ 4.04
TOP3A-204ENST00000472959 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP40.26■■■■■ 4.04
TOP3A-204ENST00000472959 BICRAQ9NZM4 1560 aa40.17■■■■■ 4.02
TOP3A-204ENST00000472959 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa39.88■■■■□ 3.98
TOP3A-204ENST00000472959 DNAJC5BQ9UF47 199 aa39.24■■■■□ 3.87
TOP3A-204ENST00000472959 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP39.11■■■■□ 3.85
TOP3A-204ENST00000472959 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa38.86■■■■□ 3.81
TOP3A-204ENST00000472959 CECR2Q9BXF3 1484 aa38.8■■■■□ 3.8
TOP3A-204ENST00000472959 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP38.64■■■■□ 3.78
TOP3A-204ENST00000472959 SMARCA4P51532 1647 aa38.59■■■■□ 3.77
TOP3A-204ENST00000472959 MROH2BQ7Z745 1585 aa38.41■■■■□ 3.74
TOP3A-204ENST00000472959 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa38.38■■■■□ 3.73
TOP3A-204ENST00000472959 NCAPD3P42695 1498 aa38.35■■■■□ 3.73
TOP3A-204ENST00000472959 SMARCA2P51531 1590 aa38.35■■■■□ 3.73
TOP3A-204ENST00000472959 PEG3Q9GZU2 1588 aa38.25■■■■□ 3.71
TOP3A-204ENST00000472959 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP38.13■■■■□ 3.7
TOP3A-204ENST00000472959 HMGXB3Q12766 1538 aa38.13■■■■□ 3.69
TOP3A-204ENST00000472959 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP38.07■■■■□ 3.68
TOP3A-204ENST00000472959 WIZO95785 1651 aa37.95■■■■□ 3.67
TOP3A-204ENST00000472959 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP37.64■■■■□ 3.62
TOP3A-204ENST00000472959 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP37.37■■■■□ 3.57
TOP3A-204ENST00000472959 CADPSQ9ULU8 1353 aa37.26■■■■□ 3.55
TOP3A-204ENST00000472959 NESP48681 1621 aa37.25■■■■□ 3.55
TOP3A-204ENST00000472959 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa37.24■■■■□ 3.55
TOP3A-204ENST00000472959 CCDC88BA6NC98 1476 aa37.22■■■■□ 3.55
TOP3A-204ENST00000472959 CFTRP13569 1480 aa37.07■■■■□ 3.52
TOP3A-204ENST00000472959 ERCC6Q03468 1493 aa37.07■■■■□ 3.52
TOP3A-204ENST00000472959 PDS5BQ9NTI5 1447 aa37.05■■■■□ 3.52
TOP3A-204ENST00000472959 FANCD2Q9BXW9 1451 aa36.79■■■■□ 3.48
TOP3A-204ENST00000472959 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa36.74■■■■□ 3.47
TOP3A-204ENST00000472959 CEP164Q9UPV0 1460 aa36.71■■■■□ 3.47
TOP3A-204ENST00000472959 PRDM2Q13029 1718 aa36.63■■■■□ 3.45
TOP3A-204ENST00000472959 MRC2Q9UBG0 1479 aa36.61■■■■□ 3.45
TOP3A-204ENST00000472959 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP36.6■■■■□ 3.45
TOP3A-204ENST00000472959 CUX2O14529 1486 aa36.58■■■■□ 3.45
TOP3A-204ENST00000472959 WDR62O43379 1518 aa36.45■■■■□ 3.43
TOP3A-204ENST00000472959 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP36.37■■■■□ 3.41
TOP3A-204ENST00000472959 ABCC8Q09428 1581 aa36.29■■■■□ 3.4
TOP3A-204ENST00000472959 TOPBP1Q92547 1522 aa36.21■■■■□ 3.39
TOP3A-204ENST00000472959 DNMBPQ6XZF7 1577 aa36.18■■■■□ 3.38
TOP3A-204ENST00000472959 CUX1P39880 1505 aa36.03■■■■□ 3.36
TOP3A-204ENST00000472959 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa35.98■■■■□ 3.35
TOP3A-204ENST00000472959 IFT140Q96RY7 1462 aa35.95■■■■□ 3.35
TOP3A-204ENST00000472959 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP35.95■■■■□ 3.35
TOP3A-204ENST00000472959 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP35.92■■■■□ 3.34
TOP3A-204ENST00000472959 FGD5Q6ZNL6 1462 aa35.87■■■■□ 3.33
TOP3A-204ENST00000472959 SOGA1O94964 1423 aa35.83■■■■□ 3.33
TOP3A-204ENST00000472959 TOP2BQ02880 1626 aa35.78■■■■□ 3.32
TOP3A-204ENST00000472959 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP35.75■■■■□ 3.31
TOP3A-204ENST00000472959 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa35.75■■■■□ 3.31
TOP3A-204ENST00000472959 SYNJ1O43426 1573 aa35.75■■■■□ 3.31
TOP3A-204ENST00000472959 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa35.74■■■■□ 3.31
TOP3A-204ENST00000472959 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP35.71■■■■□ 3.31
TOP3A-204ENST00000472959 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP35.58■■■■□ 3.29
TOP3A-204ENST00000472959 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP35.58■■■■□ 3.294e-6■■□□□ 14.3
TOP3A-204ENST00000472959 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa35.57■■■■□ 3.28
TOP3A-204ENST00000472959 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP35.54■■■■□ 3.28
TOP3A-204ENST00000472959 WDR97A6NE52 1622 aa35.54■■■■□ 3.28
TOP3A-204ENST00000472959 GAPVD1Q14C86 1478 aa35.4■■■■□ 3.26
TOP3A-204ENST00000472959 GRIN2BQ13224 1484 aa35.37■■■■□ 3.25
TOP3A-204ENST00000472959 TRIM41Q8WV44 630 aa35.34■■■■□ 3.25
TOP3A-204ENST00000472959 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa35.32■■■■□ 3.25
TOP3A-204ENST00000472959 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP35.24■■■■□ 3.23
TOP3A-204ENST00000472959 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa35.23■■■■□ 3.23
TOP3A-204ENST00000472959 KIF27Q86VH2 1401 aa35.21■■■■□ 3.23
TOP3A-204ENST00000472959 OSCARQ8IYS5 282 aa35.18■■■■□ 3.22
TOP3A-204ENST00000472959 PBRM1Q86U86 1689 aa35.17■■■■□ 3.22
TOP3A-204ENST00000472959 FBLN2P98095 1184 aa35.14■■■■□ 3.22
TOP3A-204ENST00000472959 ERICH3Q5RHP9 1530 aa35.14■■■■□ 3.22
TOP3A-204ENST00000472959 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP35.12■■■■□ 3.21
TOP3A-204ENST00000472959 SYNJ2O15056 1496 aa35.09■■■■□ 3.21
TOP3A-204ENST00000472959 CHIC1Q5VXU3 224 aa35.06■■■■□ 3.2
TOP3A-204ENST00000472959 IGF1RP08069 1367 aa35.03■■■■□ 3.2
TOP3A-204ENST00000472959 FHAD1B1AJZ9 1412 aa35.02■■■■□ 3.2
TOP3A-204ENST00000472959 CHD1O14646 1710 aa34.98■■■■□ 3.19
TOP3A-204ENST00000472959 ADAMTS12P58397 1594 aa34.98■■■■□ 3.19
TOP3A-204ENST00000472959 GRIN2AQ12879 1464 aa34.89■■■■□ 3.18
TOP3A-204ENST00000472959 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.87■■■■□ 3.17
TOP3A-204ENST00000472959 CUL7Q14999 1698 aa34.82■■■■□ 3.17
TOP3A-204ENST00000472959 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa34.82■■■■□ 3.16
TOP3A-204ENST00000472959 NUP160Q12769 1436 aa34.74■■■■□ 3.15
TOP3A-204ENST00000472959 EEA1Q15075 1411 aa34.72■■■■□ 3.15
TOP3A-204ENST00000472959 CLASP1Q7Z460 1538 aa34.71■■■■□ 3.15
TOP3A-204ENST00000472959 CSRNP3Q8WYN3 585 aa34.66■■■■□ 3.14
TOP3A-204ENST00000472959 CEP170Q5SW79 1584 aa34.65■■■■□ 3.14
TOP3A-204ENST00000472959 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa34.63■■■■□ 3.13
TOP3A-204ENST00000472959 PRXQ9BXM0 1461 aa34.58■■■■□ 3.13
TOP3A-204ENST00000472959 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP34.53■■■■□ 3.12
TOP3A-204ENST00000472959 ARHGEF11O15085 1522 aa34.5■■■■□ 3.11
TOP3A-204ENST00000472959 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa34.5■■■■□ 3.11
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 118.4 ms