Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS28Q9UK41 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS28Q9UK41 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS28Q9UK41 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms