Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP39Q53GS9 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP39Q53GS9 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP39Q53GS9 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP39Q53GS9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms