Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL6A1P12109 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms