Protein–RNA interactions for Protein: Q9P0V3

SH3BP4, SH3 domain-binding protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SH3BP4Q9P0V3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SH3BP4Q9P0V3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SH3BP4Q9P0V3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SH3BP4Q9P0V3 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms