Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
TRERF1Q96PN7 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRERF1Q96PN7 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRERF1Q96PN7 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
TRERF1Q96PN7 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC27.83■■■□□ 2.04
TRERF1Q96PN7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms