Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXD4P09016 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD4P09016 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXD4P09016 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms