Protein–RNA interactions for Protein: O95197

RTN3, Reticulon-3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,032 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTN3O95197 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
RTN3O95197 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
RTN3O95197 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
RTN3O95197 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
RTN3O95197 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
RTN3O95197 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
RTN3O95197 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTN3O95197 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTN3O95197 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTN3O95197 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTN3O95197 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTN3O95197 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTN3O95197 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RTN3O95197 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RTN3O95197 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RTN3O95197 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTN3O95197 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTN3O95197 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTN3O95197 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTN3O95197 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTN3O95197 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTN3O95197 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTN3O95197 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTN3O95197 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTN3O95197 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTN3O95197 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTN3O95197 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTN3O95197 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTN3O95197 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTN3O95197 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTN3O95197 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTN3O95197 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTN3O95197 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTN3O95197 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTN3O95197 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTN3O95197 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTN3O95197 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
RTN3O95197 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTN3O95197 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTN3O95197 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTN3O95197 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTN3O95197 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTN3O95197 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTN3O95197 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTN3O95197 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTN3O95197 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTN3O95197 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTN3O95197 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTN3O95197 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTN3O95197 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTN3O95197 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RTN3O95197 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RTN3O95197 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RTN3O95197 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RTN3O95197 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTN3O95197 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTN3O95197 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTN3O95197 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTN3O95197 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTN3O95197 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTN3O95197 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTN3O95197 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTN3O95197 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTN3O95197 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTN3O95197 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTN3O95197 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTN3O95197 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTN3O95197 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTN3O95197 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTN3O95197 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTN3O95197 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RTN3O95197 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms