Protein–RNA interactions for Protein: O00257

CBX4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, humanhuman

Predictions only

Length 560 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CBX4O00257 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CBX4O00257 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CBX4O00257 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CBX4O00257 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CBX4O00257 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CBX4O00257 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CBX4O00257 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CBX4O00257 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CBX4O00257 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CBX4O00257 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CBX4O00257 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CBX4O00257 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CBX4O00257 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CBX4O00257 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CBX4O00257 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CBX4O00257 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CBX4O00257 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CBX4O00257 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CBX4O00257 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CBX4O00257 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CBX4O00257 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CBX4O00257 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CBX4O00257 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CBX4O00257 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CBX4O00257 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CBX4O00257 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CBX4O00257 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CBX4O00257 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CBX4O00257 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CBX4O00257 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CBX4O00257 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CBX4O00257 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CBX4O00257 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CBX4O00257 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CBX4O00257 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CBX4O00257 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CBX4O00257 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CBX4O00257 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CBX4O00257 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CBX4O00257 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CBX4O00257 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CBX4O00257 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CBX4O00257 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CBX4O00257 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CBX4O00257 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CBX4O00257 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CBX4O00257 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CBX4O00257 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CBX4O00257 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CBX4O00257 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CBX4O00257 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CBX4O00257 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CBX4O00257 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CBX4O00257 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CBX4O00257 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CBX4O00257 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CBX4O00257 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CBX4O00257 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CBX4O00257 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CBX4O00257 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CBX4O00257 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CBX4O00257 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CBX4O00257 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CBX4O00257 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CBX4O00257 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CBX4O00257 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.4 ms