Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC112Q8NEF3 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms