Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN9AQ15858 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
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SCN9AQ15858 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
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SCN9AQ15858 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
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SCN9AQ15858 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.7■□□□□ 0.9
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SCN9AQ15858 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
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SCN9AQ15858 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
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SCN9AQ15858 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
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SCN9AQ15858 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
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SCN9AQ15858 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN9AQ15858 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
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