RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 NISCHQ9Y2I1 1504 aa40.38■■■■■ 4.06
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CLN3-246ENST00000636228 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa34.43■■■■□ 3.1
CLN3-246ENST00000636228 DCAF8L2P0C7V8 631 aa34.33■■■■□ 3.09
CLN3-246ENST00000636228 DNAJC5BQ9UF47 199 aa34.19■■■■□ 3.06
CLN3-246ENST00000636228 NACADO15069 1562 aa34.19■■■■□ 3.06
CLN3-246ENST00000636228 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP33.94■■■■□ 3.02
CLN3-246ENST00000636228 MYO15BQ96JP2 1530 aa33.67■■■□□ 2.98
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CLN3-246ENST00000636228 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP33.44■■■□□ 2.94
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CLN3-246ENST00000636228 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.88■■■□□ 2.85
CLN3-246ENST00000636228 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa32.72■■■□□ 2.83
CLN3-246ENST00000636228 CECR2Q9BXF3 1484 aa32.69■■■□□ 2.82
CLN3-246ENST00000636228 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP32.65■■■□□ 2.82
CLN3-246ENST00000636228 NCAPD3P42695 1498 aa31.63■■■□□ 2.65
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CLN3-246ENST00000636228 ERCC6Q03468 1493 aa31.33■■■□□ 2.61
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CLN3-246ENST00000636228 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa31.31■■■□□ 2.6
CLN3-246ENST00000636228 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP31.3■■■□□ 2.6
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CLN3-246ENST00000636228 NESP48681 1621 aa31.22■■■□□ 2.59
CLN3-246ENST00000636228 CUX2O14529 1486 aa31.19■■■□□ 2.58
CLN3-246ENST00000636228 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.17■■■□□ 2.58
CLN3-246ENST00000636228 PEG3Q9GZU2 1588 aa31.1■■■□□ 2.57
CLN3-246ENST00000636228 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.84■■■□□ 2.53
CLN3-246ENST00000636228 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP30.76■■■□□ 2.52
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CLN3-246ENST00000636228 PDS5BQ9NTI5 1447 aa30.74■■■□□ 2.51
CLN3-246ENST00000636228 CADPSQ9ULU8 1353 aa30.71■■■□□ 2.51
CLN3-246ENST00000636228 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa30.67■■■□□ 2.5
CLN3-246ENST00000636228 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP30.54■■■□□ 2.48
CLN3-246ENST00000636228 MRC2Q9UBG0 1479 aa30.47■■■□□ 2.47
CLN3-246ENST00000636228 FANCD2Q9BXW9 1451 aa30.35■■■□□ 2.45
CLN3-246ENST00000636228 CEP164Q9UPV0 1460 aa30.35■■■□□ 2.45
CLN3-246ENST00000636228 WDR62O43379 1518 aa30.35■■■□□ 2.45
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CLN3-246ENST00000636228 CFTRP13569 1480 aa30.32■■■□□ 2.44
CLN3-246ENST00000636228 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP30.11■■■□□ 2.41
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CLN3-246ENST00000636228 TRIM41Q8WV44 630 aa30.04■■■□□ 2.4
CLN3-246ENST00000636228 OSCARQ8IYS5 282 aa29.9■■■□□ 2.38
CLN3-246ENST00000636228 PRDM2Q13029 1718 aa29.8■■■□□ 2.36
CLN3-246ENST00000636228 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP29.77■■■□□ 2.36
CLN3-246ENST00000636228 TOPBP1Q92547 1522 aa29.76■■■□□ 2.35
CLN3-246ENST00000636228 IFT140Q96RY7 1462 aa29.74■■■□□ 2.35
CLN3-246ENST00000636228 ABCC8Q09428 1581 aa29.62■■■□□ 2.33
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CLN3-246ENST00000636228 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa29.41■■■□□ 2.3
CLN3-246ENST00000636228 SOGA1O94964 1423 aa29.38■■■□□ 2.29
CLN3-246ENST00000636228 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP29.38■■■□□ 2.29
CLN3-246ENST00000636228 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP29.34■■■□□ 2.29
CLN3-246ENST00000636228 ARHGEF11O15085 1522 aa29.34■■■□□ 2.29
CLN3-246ENST00000636228 FGD5Q6ZNL6 1462 aa29.29■■■□□ 2.28
CLN3-246ENST00000636228 CYB5RLQ6IPT4 315 aa29.27■■■□□ 2.28
CLN3-246ENST00000636228 CUX1P39880 1505 aa29.26■■■□□ 2.27
CLN3-246ENST00000636228 CHD1O14646 1710 aa29.25■■■□□ 2.27
CLN3-246ENST00000636228 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa29.17■■■□□ 2.26
CLN3-246ENST00000636228 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP29.14■■■□□ 2.26
CLN3-246ENST00000636228 ARAP1Q96P48 1450 aa29.08■■■□□ 2.25
CLN3-246ENST00000636228 GRIN2BQ13224 1484 aa29.06■■■□□ 2.24
CLN3-246ENST00000636228 WDR97A6NE52 1622 aa29.03■■■□□ 2.24
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CLN3-246ENST00000636228 SYNJ2O15056 1496 aa28.96■■■□□ 2.23
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CLN3-246ENST00000636228 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.83■■■□□ 2.21
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CLN3-246ENST00000636228 ERCC6L2Q5T890 1561 aa28.6■■■□□ 2.17
CLN3-246ENST00000636228 NUP160Q12769 1436 aa28.59■■■□□ 2.17
CLN3-246ENST00000636228 CEP170Q5SW79 1584 aa28.58■■■□□ 2.17
CLN3-246ENST00000636228 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.52■■■□□ 2.16
CLN3-246ENST00000636228 JPH4Q96JJ6 628 aa28.4■■■□□ 2.14
CLN3-246ENST00000636228 SHROOM2Q13796 1616 aa28.39■■■□□ 2.13
CLN3-246ENST00000636228 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP28.38■■■□□ 2.13
CLN3-246ENST00000636228 IGF1RP08069 1367 aa28.29■■■□□ 2.12
CLN3-246ENST00000636228 KIF27Q86VH2 1401 aa28.23■■■□□ 2.11
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