Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.26■■■□□ 2.28
USP40Q9NVE5 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP40Q9NVE5 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC29.14■■■□□ 2.26
USP40Q9NVE5 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms