Protein–RNA interactions for Protein: Q96S90

LYSMD1, LysM and putative peptidoglycan-binding domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 227 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LYSMD1Q96S90 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LYSMD1Q96S90 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LYSMD1Q96S90 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LYSMD1Q96S90 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LYSMD1Q96S90 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.7 ms