Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS35Q96QK1 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS35Q96QK1 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS35Q96QK1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms