Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC33.16■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC33.16■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC33.15■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
USP54Q70EL1 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.08■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.89
USP54Q70EL1 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC33.07■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC33.06■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC33.05■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC33.03■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
USP54Q70EL1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC32.97■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC32.95■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
USP54Q70EL1 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms