Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIM2P55344 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIM2P55344 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIM2P55344 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIM2P55344 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LIM2P55344 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIM2P55344 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIM2P55344 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIM2P55344 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIM2P55344 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIM2P55344 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIM2P55344 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIM2P55344 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIM2P55344 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIM2P55344 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIM2P55344 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIM2P55344 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIM2P55344 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIM2P55344 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIM2P55344 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIM2P55344 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIM2P55344 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIM2P55344 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIM2P55344 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIM2P55344 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIM2P55344 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIM2P55344 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIM2P55344 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIM2P55344 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIM2P55344 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIM2P55344 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIM2P55344 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIM2P55344 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIM2P55344 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIM2P55344 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIM2P55344 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIM2P55344 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
LIM2P55344 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIM2P55344 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIM2P55344 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIM2P55344 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIM2P55344 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIM2P55344 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIM2P55344 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIM2P55344 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIM2P55344 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIM2P55344 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIM2P55344 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIM2P55344 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIM2P55344 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIM2P55344 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LIM2P55344 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIM2P55344 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIM2P55344 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIM2P55344 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIM2P55344 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIM2P55344 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIM2P55344 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIM2P55344 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIM2P55344 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIM2P55344 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIM2P55344 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIM2P55344 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIM2P55344 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIM2P55344 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIM2P55344 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LIM2P55344 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIM2P55344 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIM2P55344 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIM2P55344 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIM2P55344 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIM2P55344 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIM2P55344 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
LIM2P55344 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIM2P55344 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIM2P55344 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms