Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ARAP3-202ENST00000504448 1765 ntTSL 1 (best)15.47■□□□□ 0.075e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.065e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PIH1D1-203ENST00000593900 932 ntTSL 215.41■□□□□ 0.065e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.062e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PLEKHB2-209ENST00000482225 644 ntTSL 215.34■□□□□ 0.051e-7■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DHPS-207ENST00000594424 1172 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.045e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 CCDC137-202ENST00000571916 708 ntTSL 315.31■□□□□ 0.045e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 ST6GALNAC6-213ENST00000494541 712 ntTSL 315.28■□□□□ 0.045e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RPN2-202ENST00000373622 2348 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.035e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DBN1-208ENST00000505550 534 ntTSL 215.22■□□□□ 0.035e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.025e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DNM2-219ENST00000591818 538 ntTSL 415.09■□□□□ 0.015e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PLEKHB2-206ENST00000409612 2210 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -01e-7■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.015e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.015e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DRG1-205ENST00000486584 318 ntTSL 514.97□□□□□ -0.015e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 GTF3C6-201ENST00000329970 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.025e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.025e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.025e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DLK1-205ENST00000556051 469 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.032e-8■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 ERGIC3-213ENST00000475211 514 ntTSL 314.87□□□□□ -0.035e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 GFI1B-207ENST00000636137 1870 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RHOC-215ENST00000484054 521 ntTSL 514.79□□□□□ -0.045e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 GPRC5B-209ENST00000569479 2984 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.065e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PEX19-211ENST00000533104 544 ntTSL 414.63□□□□□ -0.075e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 TTLL4-212ENST00000457313 3723 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.087e-9■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PNPLA6-201ENST00000221249 4617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.085e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LYRM4-204ENST00000463032 1487 ntTSL 1 (best)14.51□□□□□ -0.095e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 AC007998.2-201ENST00000589258 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.45□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.45□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 EML4-203ENST00000402711 3568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RPN2-203ENST00000373632 1073 ntTSL 514.44□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 UCP2-202ENST00000536983 1413 ntTSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 GFI1B-203ENST00000372123 1514 ntTSL 5 BASIC14.43□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 TSC2-213ENST00000483020 563 ntTSL 414.42□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 ARHGAP22-215ENST00000515523 496 ntTSL 414.4□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DHPS-209ENST00000595844 909 ntTSL 214.4□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 GFI1B-202ENST00000372122 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 POLG-201ENST00000268124 4500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.117e-8■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 MKRN3-202ENST00000564592 629 ntTSL 3 BASIC14.35□□□□□ -0.115e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 EHMT2-204ENST00000395728 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 ERGIC3-212ENST00000465298 505 ntTSL 214.3□□□□□ -0.125e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 HMBS-219ENST00000544182 1542 ntTSL 214.22□□□□□ -0.136e-19■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 EHMT2-201ENST00000375528 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 ST6GALNAC6-206ENST00000447681 802 ntTSL 214.18□□□□□ -0.145e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PKD1-222ENST00000496574 4419 ntTSL 514.18□□□□□ -0.145e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 EHMT2-202ENST00000375530 3856 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PARVB-207ENST00000477795 636 ntTSL 514.16□□□□□ -0.145e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PMF1-201ENST00000368273 884 ntTSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.155e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 TUBGCP3-201ENST00000261965 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.153e-8■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PCID2-205ENST00000375477 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.155e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PMF1-203ENST00000368279 1019 ntTSL 2 BASIC14.02□□□□□ -0.175e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DNM1L-220ENST00000549701 2487 ntTSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.175e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PKD1-219ENST00000486339 4443 ntTSL 514□□□□□ -0.175e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 ISY1-RAB43-201ENST00000418265 4868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.175e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 EHMT2-203ENST00000375537 3965 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PCSK6-205ENST00000558433 543 ntTSL 413.89□□□□□ -0.195e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 IGF2BP1-201ENST00000290341 8274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.194e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 CDK11B-203ENST00000341832 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.193e-16■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PKD1-202ENST00000415938 3386 ntTSL 513.85□□□□□ -0.195e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DHPS-214ENST00000598246 553 ntTSL 313.83□□□□□ -0.25e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LAMB1-201ENST00000222399 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PCSK6-212ENST00000560785 507 ntTSL 413.66□□□□□ -0.225e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 NUP107-203ENST00000401003 729 ntTSL 513.64□□□□□ -0.235e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 NUP54-201ENST00000264883 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RAB43-203ENST00000393305 4215 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.6□□□□□ -0.235e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 POLG-202ENST00000442287 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.247e-8■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 SNX10-201ENST00000338523 2546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.245e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 SEMA3F-201ENST00000002829 3802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.255e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LSS-210ENST00000491729 2143 ntTSL 213.51□□□□□ -0.255e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 TELO2-205ENST00000567423 479 ntTSL 513.49□□□□□ -0.255e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 POLG-213ENST00000631044 4668 ntTSL 513.49□□□□□ -0.257e-8■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RPL23A-204ENST00000422514 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.275e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PMF1-BGLAP-201ENST00000320139 773 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.285e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 STAT1-205ENST00000415035 663 ntTSL 313.3□□□□□ -0.285e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RAB43-204ENST00000393307 4203 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.29□□□□□ -0.285e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LYRM4-205ENST00000464010 1401 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.285e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LAMTOR1-208ENST00000545249 965 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.285e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RCCD1-209ENST00000557750 1696 ntTSL 313.2□□□□□ -0.35e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RHOC-214ENST00000478447 420 ntTSL 213.17□□□□□ -0.35e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LINC00540-203ENST00000631321 2412 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.35e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 ATXN10-212ENST00000640901 1185 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.35e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 TSC2-212ENST00000471143 577 ntTSL 413.14□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 TRAP1-212ENST00000575671 2309 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.315e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PLEKHB2-202ENST00000403716 4349 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.311e-7■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 LYPLA1-207ENST00000519926 857 ntTSL 313.11□□□□□ -0.315e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PEX19-212ENST00000533699 556 ntTSL 413.03□□□□□ -0.325e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 STAT1-201ENST00000361099 4310 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.325e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 BTN3A1-208ENST00000476549 1758 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.355e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 HDLBP-214ENST00000427183 6238 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.363e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 POLG-217ENST00000636774 4151 ntTSL 512.77□□□□□ -0.377e-8■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PNPLA6-220ENST00000600737 4195 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.375e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RPLP2-206ENST00000530398 313 ntTSL 312.75□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PKD1-216ENST00000483731 4193 ntTSL 512.74□□□□□ -0.375e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 PNPLA6-204ENST00000545201 4502 ntTSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.385e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 DHPS-202ENST00000351660 1090 ntTSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.395e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RNF103-206ENST00000477307 1293 ntTSL 412.59□□□□□ -0.395e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 RAB43-205ENST00000393308 4193 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.58□□□□□ -0.45e-10■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 GTF3C5-206ENST00000439697 823 ntTSL 312.57□□□□□ -0.45e-6■■■■■ 120.6
SF3B1O75533 CCDC137-203ENST00000572531 265 ntTSL 312.53□□□□□ -0.45e-10■■■■■ 120.6
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1554.4 ms