Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM4Q9C037 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM4Q9C037 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRIM4Q9C037 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM4Q9C037 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 128.9 ms