Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
RHBDL3P58872 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC29.4■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
RHBDL3P58872 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC29.39■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
RHBDL3P58872 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
RHBDL3P58872 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
RHBDL3P58872 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1565.7 ms