Protein–RNA interactions for Protein: P55285

CDH6, Cadherin-6, humanhuman

Predictions only

Length 790 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH6P55285 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CDH6P55285 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CDH6P55285 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CDH6P55285 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CDH6P55285 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CDH6P55285 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CDH6P55285 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CDH6P55285 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CDH6P55285 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CDH6P55285 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CDH6P55285 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CDH6P55285 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CDH6P55285 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CDH6P55285 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CDH6P55285 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CDH6P55285 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CDH6P55285 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CDH6P55285 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CDH6P55285 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CDH6P55285 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CDH6P55285 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CDH6P55285 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CDH6P55285 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CDH6P55285 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CDH6P55285 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CDH6P55285 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CDH6P55285 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CDH6P55285 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CDH6P55285 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CDH6P55285 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CDH6P55285 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CDH6P55285 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CDH6P55285 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH6P55285 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH6P55285 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH6P55285 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH6P55285 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH6P55285 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CDH6P55285 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CDH6P55285 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CDH6P55285 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CDH6P55285 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CDH6P55285 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CDH6P55285 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CDH6P55285 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CDH6P55285 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CDH6P55285 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CDH6P55285 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CDH6P55285 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CDH6P55285 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CDH6P55285 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH6P55285 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH6P55285 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH6P55285 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH6P55285 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH6P55285 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CDH6P55285 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CDH6P55285 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CDH6P55285 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CDH6P55285 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CDH6P55285 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH6P55285 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH6P55285 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH6P55285 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH6P55285 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH6P55285 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH6P55285 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH6P55285 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CDH6P55285 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CDH6P55285 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms