Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms