Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
USP4Q13107 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
USP4Q13107 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms