Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS35Q96QK1 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS35Q96QK1 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS35Q96QK1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS35Q96QK1 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS35Q96QK1 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms