Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
COL18A1P39060 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC33.4■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL18A1P39060 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC33.35■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL18A1P39060 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC33.26■■■□□ 2.92
COL18A1P39060 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC33.23■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC33.22■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
COL18A1P39060 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms