Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
USH1CQ9Y6N9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USH1CQ9Y6N9 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USH1CQ9Y6N9 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USH1CQ9Y6N9 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms