Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
DDX28Q9NUL7 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX28Q9NUL7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
DDX28Q9NUL7 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
DDX28Q9NUL7 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms